Présentation des intervenants
Ateliers
Pixi : la reproductabilité à portée de main
La gestion des dépendances et des flux de travail dans la science computationnelle, notamment en bio-informatique, est souvent fragmentée : compilation C++ (CMake), dépendances binaires (Conda), et scripts d’analyse (Python/PyPI).
Les participants repartiront avec une compréhension concrète de l’utilisation de pixi pour construire, tester et partager des projets scientifiques complexes avec une meilleure reproductibilité.
Droit du travail pour les étudiants
Conférences
Du logiciel libre au logiciel vertueux
Né dans les années 1970 et formalisé en 1989, le logiciel libre est à la fois un concept technique et un combat éthique porté par une communauté engagée face aux géants du numérique. S’il a largement contribué à l’essor de la société informatisée, sa dimension éthique reste peu formalisée.
Face aux enjeux actuels — impact écologique, qualité des logiciels et pratiques de développement — cette conférence propose d’enrichir le logiciel libre par la notion de logiciel vertueux, afin de répondre aux défis scientifiques et technologiques contemporains.
Parcourir et analyser le web avec ClaimsKG
La diffusion de fausses informations sur le Web représente un enjeu majeur pour les sciences sociales et l’intelligence artificielle. Cette conférence présente ClaimsKG, le premier graphe de connaissances dédié aux affirmations vérifiées par des organismes de fact-checking et à leurs métadonnées.
Construit à partir de plusieurs portails spécialisés, ClaimsKG permet d’analyser les débats sociétaux en ligne et de faciliter la vérification des faits grâce à des outils dédiés. L’exposé abordera également les caractéristiques, les biais et l’évolution des affirmations vérifiées sur le Web.
L'approche métagénomique pour étudier la circulation de la Résistance aux AntiMicrobiens entre les animaux et leur environnement dans une province du Cambodge
Une vaste étude « Une seule santé » a été menée au Cambodge, dans la province de Battambang, pour analyser par métagénomique la circulation des bactéries multirésistantes et des gènes de résistance entre les humains, les animaux et l’environnement.
Les premiers résultats montrent un niveau de résistance très élevé, particulièrement dans les échantillons d’animaux et d’aliments, suggérant que ces compartiments sont une source majeure de résistance aux antibiotiques d’intérêt pour la santé publique.
FAIR et re-FAIR
La crise de reproductibilité met en évidence la nécessité d’améliorer les pratiques scientifiques, notamment en matière de gestion des données, de documentation et de partage de l’information. Dans un contexte de désinformation croissante, ces bonnes pratiques constituent un investissement durable qui renforce la qualité, la fiabilité et la transparence des résultats scientifiques.
Cette conférence, abordée sous l’angle de la bioinformatique, présente trois piliers fondamentaux — les principes FAIR, la science ouverte et la reproductibilité — comme socle d’une science rigoureuse, collaborative et pérenne.
La génomique comparative des chromosomes sexuels des palmiers
Chez les plantes à fleurs, la détermination du sexe est très variée et les espèces dioïques restent minoritaires. Les palmiers constituent un modèle idéal pour étudier l’évolution des chromosomes sexuels, la dioécie y ayant émergé indépendamment à plusieurs reprises.
Cette conférence présente une approche de génomique comparative permettant d’identifier les chromosomes et gènes liés au sexe chez des espèces non modèles.
Ces travaux ont conduit au développement de marqueurs génétiques pour le sexage précoce des plants, avec des applications majeures pour la production agricole et la sécurité alimentaire dans les pays du Sud.
Djibouti: vers une agriculture durable grace au sexage des palmiers
À Djibouti, les palmeraies oasiennes jouent un rôle vital pour les communautés locales, mais sont menacées par la désertification et le changement climatique. Un projet innovant porté par l’IRD et ses partenaires utilise des techniques moléculaires de sexage précoce des palmiers-dattiers pour identifier le sexe des plants dès les premiers stades de croissance, permettant ainsi d’optimiser la sélection des femelles productrices de dattes.
Cette approche vise à revitaliser les palmeraies, renforcer la résilience des écosystèmes et soutenir les moyens de subsistance des populations rurales, contribuant à une agriculture plus durable dans les zones arides
Les Langages de Programmation: comprendre une diversité
R, Python, Perl, Java, C++, Julia, Rust..
Pourquoi autant ?
Qu’est-ce qui les lie ?
Des repères pour naviguer et choisir l’outil pour l’usage.